Τα τέσσερα Τμήματα της Σχολής λειτουργούν δύο (2?) Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών, αυτόνομα, ενώ συμμετέχουν σε πέντε (5?) ακόμη Διατμηματικά-Διαπανεπιστημιακά Προγράμματα.

Τμήμα Επικοινωνίας και ΜΜΕ

Το Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα "Επικοινωνία και ΜΜΕ" αποτελείται από πέντε κατευθύνσεις:

1. Ευρωπαϊκές Επικοινωνίες: Δομές και Πολιτικές,
2. Κοινή Γνώμη και Δημόσια Επικοινωνία,
3. Πολιτισμικές Σπουδές,
4. Συγκρούσεις: Διαχείριση Συγκρούσεων και Επικοινωνία και
5. Ψηφιακά Μέσα Επικοινωνίας και Περιβάλλοντα Αλληλεπίδρασης.

Επίσης στο τμήμα λειτουργούν και δύο διατμηματικά προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών:

• "Μουσική Κουλτούρα και Επικοινωνία: Ανθρωπολογικές και Επικοινωνιακές Προσεγγίσεις της Μουσικής" και
• "Τεχνολογίες της Πληροφορίας και της Επικοινωνίας για την Εκπαίδευση".

Τμήμα Οικονομικών Επιστημών

Το Τμήμα έχει τα εξής Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών:

• Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Εφαρμοσμένης Οικονομικής και Χρηματοοικονομικής 

Επίσης, συμμετέχει στα παρακάτω Διατμηματικά Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών:

• Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Μαθηματικών της Αγοράς και της Παραγωγής
• Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Διοίκησης Τηλεπικοινωνιών και Δικτύων
• Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Διοίκησης Υγείας

Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης

Στο Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης λειτουργούν τα ακόλουθα Προγράμματα Mεταπτυχιακών Σπουδών:

• Π.M.Σ. Πολιτική Επιστήμη και Κοινωνιολογία
• Π.M.Σ. Ευρωπαϊκές και Διεθνείς Σπουδές
• Π.M.Σ. Κράτος και Δημόσια Πολιτική
• Π.M.Σ. Σπουδές Νοτιοανατολικής Ευρώπης

Τμήμα Τουρκικών Σπουδών και Σύγχρονων Ασιατικών Σπουδών

Λόγω του νεοσύστατου του Τμήματος και της, ως εκ τούτου, έλλειψης επαρκούς αριθμού μελών Δ.Ε.Π. σε συγκεκριμένες και διακριτές ειδικότητες, επί του παρόντος, δεν λειτουργεί οργανωμένο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών Α' κύκλου σπουδών στο Τμήμα. Πιστεύουμε, όμως, ότι στο εγγύς μέλλον, και εφόσον πληρωθούν οι απαραίτητες θέσεις ώστε να αυτονομηθεί το Τμήμα, θα είμαστε σε θέση να σχεδιάσουμε, να καταρτίσουμε και να πραγματοποιήσουμε οργανωμένο πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών, με συγκεκριμένες ειδικεύσεις και στόχους, κάτι το οποίο συνιστά απαραίτητο συμπλήρωμα των σπουδών που παρέχονται στο Τμήμα και αποτελεί πάγιο αίτημα των ήδη φοιτούντων σε αυτό.